L'Amazone regroupe divers types de biotope qui possèdent plusieurs qualités d'eau qui influent sur les biotopes. On distingue habituellement trois types de cours d'eau, les eaux noires (agua preta), les eaux blanches (agua blanca), les eaux claires (agua clara).
L'eau noire
C'est une eau marron foncé, couleur thé bien concentré. Elle doit sa couleur à l’énorme quantité de matières végétales en décomposition qui la charge de matières humiques.
Malgré cette couleur, l’eau n’est pas trouble mais limpide, et la visibilité y est importante. Son pH est très acide et compris entre 3,5 et 5. Ces eaux sont exemptes de carbonate et sa dureté totale est quasi inexistante. Les végétaux y sont très rares, la pénétration de la lumière dans l’eau étant fortement atténuée par la coloration de celle-ci et son acidité incompatible à leur développement. Le fond des rios est sablonneux, d’un sable clair et fin et jonché de feuilles et de branches tombées à l’eau.
Les principaux rios à eaux noires sont : le Rio Negro, le Rio Abacaxis, le haut Rio Trombetas et le haut Rio Nahmunda.
L'eau blanche
Contrairement au nom qu’elle porte, l'eau de ces cours d'eau est ocre-jaune. Son aspect trouble et sa couleur lui est donnée par la grosse quantité d’argile en suspension qu’elle contient. Son pH est comprit entre 6,2 et 7,2 et sa dureté totale inférieure à 1°.
Dans ce type de biotope, la visibilité dans l’eau est quasiment nulle et la pénétration de la lumière dans celle-ci est encore moins forte que dans les eaux noires. Par contre le fond des rios est constitué d’argile et jonché des mêmes matières que dans l’eau noire, à savoir feuilles et branchages.
Les principaux rios à eaux blanches sont : le Rio Solimoes, le Rio Amazonas, le Rio Madeira et le Rio Branco.
L'eau claire
Les cours d'eaux limpides, et translucides sont appelés cours d'eau claire. Ils prennent de temps en temps une couleur verdâtre quand elle est chargée en phytoplancton. La visibilité y est exceptionnelle. Son pH est compris entre 4,5 et 7,5. Son taux de carbonate est aussi très bas ainsi que sa dureté totale.
L’extrême clarté de l’eau permet la pénétration de la lumière jusqu’à une profondeur substantielle, ce qui permet la fonction chlorophyllienne, condition indispensable au développement de plantes ou d’algues. Le fond des rios est constitué de sable clair et fin et jonché de feuilles et de branches.
Les principaux rios à eaux claires sont : le Rio Tapajós, le rio Xingu, le Rio Tocantins et le Rio Argueria.